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  • 单细胞转录组数据分析

    【单细胞测序】数据格式转换loomR今天读文献，遇到比较感兴趣的样本，数据下载下来是loom文件，查了下loom文件转换为seurat对象的方法。做个笔记。背景seurat 分析.

  • 单细胞转录组 —— 原始数据处理

    单细胞转录组—原始数据处理 文章目录 单细胞转录组—原始数据处理 前言 原始数据的质量控制 序列比对 不同比对类型 不同参考序列 比对到基因组 比对到转录组 比对到扩展的转录组 ...

  • 单细胞转录组数据分析流程

    单细胞转录组数据分析的难点主要在于细胞的质量不确定，细胞的数量大，从单细胞测序技术诞生至今，测到的细胞通量越来越高，现在一次单细胞转录组测到的细胞数可达100K~200K[1]。因而，对分析人员的要求也越来越高。虽然单细胞转录...

  • 单细胞转录组数据整合分析

    具体见 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）-实验平台。植物单细胞转录组的春天也开始了，目前都是限定在根、生殖细胞（Science），以后会拓展到更多器官，2018-2019年，Science,Plant Cell,...

  • 单细胞转录组数据处理之上游分析流程

    如果你想亲手分析自己的数据，生信技能树联合单细胞天地也推出了：7个小时的单细胞转录组视频课程（限时免费）足足7个小时，34集，涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系，希望能...

  • 单细胞转录组数据分析||工具：loomR

    单细胞转录组数据分析|工具：loomR 随着单细胞数据集的不断增长，计算需求呈指数级增长。我们注意到，即使在使用稀疏矩阵时，Seurat分析对于数据集>100,000个单元格也是具有挑战性的，这主要是由于在内存中存储完整数据集存在...

  • 单细胞转录组常用软件及数据库介绍

    单细胞转录组常用软件及数据库介绍,视频播放量 102、弹幕量 0、点赞数 3、投硬币枚数 0、收藏人数 7、转发人数 3,视频作者 上海欧易生物,作者简介 科服咨询：021-34781616 邮箱：market@...

  • 单细胞转录组数据处理综述

    正好我们博士阶段有一门课是写一个综述系统性的总结一个研究领域，我就很自然的选择了这个单细胞转录组的数据处理，也就是 scRNA-seq 下面是博士课程的作业的答辩PPT，分享一下...

  • 时间序列单细胞转录组数据分析

    虽然于2017年9月公布在了bioRxiv上面，但是至今仍然没正式发表，包含了 六万 多个单细胞转录组数据，持续追踪了MEF细胞系诱导为IPSC细胞的动态变化过程，并且从发育的角度分析了这些数据...

  • Hemberg

    Seurat：单细胞质控，分析和数据探索而设计的R包，可以完成获得定量数据后的几乎所有分析。不少文章的几个主图都是来自这个软件包。这个软件包可以作为学习的入门，官网的教程示例写的很详细。ASAP（Automated Single-cell Anal...

单细胞转录组数据

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